Мембрана под скатом и ковёр на плоской крыше. Две разные задачи с одним словом в смете.
Гидроизоляция кровли на скате — это подкровельная мембрана, а не «намазать битумом». Она выпускает пар из утеплителя и не пускает задутую воду к вате. На плоской крыше гидроизоляция — само покрытие: ковёр или мембрана.
Путаница в смете стоит мокрого контура. Слои ската — кровельный пирог и утепление кровли. Плоский случай — мембранная кровля.
Вода всё равно ищет стык. Примыкание к трубе и ендова описаны в водостоках и примыканиях.
Не покупайте «гидроизоляцию» до того, как понятен узел. Опишите крышу.